Fakultet za filološke nauke osnovan je 2002. godine, odnosno formiran je kada je osnovan Univerzitet u Novom Pazaru. Fakultet je počeo sa radom akademske  2002/03. godine, pod nazivom Fakultet za humanističke nauke. Prvi dekan Fakulteta za humanističke nauke bio je prof. dr Sait Kačapor (od 2002. do septembra 2008. god.).

Univerzitet u Novom Pazaru od 2009. godine, kao integrisani univerzitet, sve studijske programe realizuje kroz šest departmana, pa je studijski program Fakultet za humanističke nauke od te godine realizovan na Departmanu za filološke  nauke sa rukovodiocem prof. dr Saminom Dazdarević. U narednim godinama, fakultet, a kasnije i departman, je kadrovski proširen angažovanjem i gostujućih profesora iz Srbije, Bosne i Hercegovine, Severne Makedonije i Crne Gore. Prof. dr Jahja Fehratović obavljao je funkciju rukovodioca  Departmana od 2013. do 2021. godine.

Sadašnji rukovodilac departmana je doc. dr Kimeta Hamidović (od oktobra 2021. god. do danas).