Nauka i istraživanja su neophodne kategorije za razvoj svakog društva. Zahvaljujući rezultatima nauke stvaraju se novi proizvodi, novi materijali, novi izvori energije i novi tehnološki postupci – kratko rečeno nastaju novi izumi za dobrobit čovječanstva. Uzimajući ovo u obzir, Internacionalni Univerzitet u Novom Pazaru preuzeo na sebe odgovornost da ponudi inovativne doktorske studije koje će proizvoditi kvalitetne naučne radnike. Obzirom da Internacionalni Univerzitet djeluje u regionu koji je nedovoljno ekonomski razvijen, postoji posebna odgovornost za stvaranje što boljih budućih kadrova za rješavanje nagomilanih problema.
Također, veliki broj svršenika osnovnih studija koji su se zaposlili i imali želju za nastavak svojih studija nisu bili u stanje, obzirom da u Sandžaku nije imao Univerzitet. Internacionalni Univerzitet im je omogućio da nastave svoje akademsko usavršavanje, prvo nudeći magistarske studije i prijavu doktorskih disertacija magistranata, a od 2006. godine nudeći trogodišnje doktorske studije po bolonjskom sistemu.
Centar za postdiplomske i doktorske studije počeo sa radom 2003. godine. Tada je ovaj centar počeo da organizuje postdiplomske – magistarske studije na fakultetu za humanističke nauke, fakultetu za menadžment i poslovnu ekonomiju, pravnom fakultetu kao i fakultetu za informacione tehnologije. Do sada je na Univerzitetu 50 osoba odbranilo svoju magistarsku tezu i steklo naučni stepen „magistar nauka“.
Istovremeno, Univerzitet je prihvaćao prijave doktorskih disertacija od strane magistara nauka. Ovu mogućnost je iskoristio veliki broj pojedinaca od kojih je do sada završilo više od 60 osoba iz cijele Evrope – iz Srbije, Crne Gore, Bosne i Hercegovine, Makedonije, Hrvatske, Slovenije, Njemačke i SAD-a. Odbranjene disertacije su značajne, ne samo za razvoj regiona nego i od globalnog značaja. Veliki broj disertacija su tretirale inovativne teme iz istoka i zapada, koje se ne mogu naći na drugom univerzitetima. Posebni kvalitet doktora nauka Univerziteta u Novom Pazaru pokazuje i činjenica da apsolutna većina njih radi na prestižnim poslovima u regionu i šire – kao nastavnici na univerzitetima, rukovodiocu istraživačkih centara i na rukovodećim mjestima u privatnim preduzećima i javnim službama.
Među prvim univerzitetima, Univerzitet u Novom Pazaru je prihvatio bolonjsku deklaraciju i od 2006. godine nudi trogodišnje doktorske studije po bolonjskom sistemu. Do sada je 60 doktora nauka odbranilo doktorske disertacije iz oblasti prava, ekonomije, informatike, filologije, psihologije, pedagogije i teologije.
Posebna nam je čast što je 07.04.2009.godine – do sada – jedini počasni doktor počasnog doktora nauka iz oblasti međunarodnih odnosa i diplomatije Jelku Kacinu, slovenačkom članu Evropskog parlamenta i specijalnom izvjestitelju za Srbiju pri istom.
31.03.2014.g.,dodeljen je počasni doktorat „Doctor honoris causa“ prof.dr Marcel Van de Voordu,savetniku za visoko obrazovanje u EU.
