Због вакуфског (задужбинског) статуса имовине, Универзитет има свој Задужбински савет као орган који врши контролну функцију рада органа Универзитета у домену располагања имовином и свих других делатности које не задиру у научно-образовну аутономију Универзитета, а тичу се имовине.
Задужбински савет се састоји од пет чланова, које именује оснивач. Мандат чланова Задужбинског савета траје 5 година, с могућношћу поновног именовања.