Zbog vakufskog (zadužbinskog) statusa imovine, Univerzitet ima svoj Zadužbinski savjet kao organ koji vrši kontrolnu funkciju rada organa Univerziteta u domenu raspolaganja imovinom i svih drugih djelatnosti koje ne zadiru u naučno-obrazovnu autonomiju Univerziteta, a tiču se imovine.
Zadužbinski savjet se sastoji od pet članova, koje imenuje osnivač. Mandat članova Zadužbinskog savjeta traje 5 godina, s mogućnošću ponovnog imenovanja.